新しい藩名は「斗南」と命名され、旧藩士と家族1万7千人余りが移住したが、そこは火山灰土の風雪厳しい不毛の土地であった。斗南藩大参事山川浩、少参事広沢安任・永岡久茂らは農業施策を展開するが、慣れない農業と寒冷な自然の前に生産高はあがらず飢えと寒さで病死者が続出、蒸発するものもあった。しかし山川ら会津人は挫けず、斗南ヶ丘建設に始まる原野の開墾政策、斗南日新館による教育・人材育成に務めた。

明治4年、新政府は廃藩置県を実施、斗南藩も斗南県となり、藩知事だった松平容大も東京へ移住となった。山川らは斗南県の将来のため、財力のある弘前県との合併運動を進め、周辺五県が合併し青森県となった。しかし藩が消滅、藩主も失った不毛な斗南の地に希望を持てない会津人の多くがこれを機に全国に散って行ったために、軌道にのりかけた斗南藩の農業政策は瓦解した。
なかには旧斗南藩に留まり農業を続けた島影家、我が国初の洋式牧場を開設した広沢安任のような人物もいる。