義連はその孫達に会津の土地を与え、うち光盛が葦名を名乗ったと伝えられる。
宝治元年（1247）三浦氏は北条時頼に滅ぼされ所領は没収された。光盛ら会津佐原氏は北条方に付いたため、北条氏から地頭代に任命され会津地方を統治した（この時から会津との関係が始まったという説あり）。なお至徳元年（1384）、葦名直盛が会津に黒川城を築いたが、これが鶴ヶ城の始めとされる。

15世紀初頭南北朝に分かれ戦った会津の佐原一族は、猪苗代の猪苗代氏だけを残し葦名氏に滅ぼされていき、葦名盛氏の時代には葦名氏が会津一円の支配をほぼ完成した。

この時期の葦名氏は伊達氏との同盟を結んでいたが、直系の当主が相次いで亡くなると、伊達氏と敵対していた常陸（茨城県）太田城佐竹義重の次男義広に葦名氏を継がせた。これが伊達氏との対立を深刻にさせ政情が動揺。天正17年（1589）6月、磐梯山麓の磨上原の戦いで伊達政宗に大敗した義広は、葦名譜代に黒川城を追われ常陸へ走り、葦名家は事実上滅亡した。