神指城は、上杉景勝の築城です。慶長４年（１５９９）会津１２０万石へ国替となった上杉景勝は、居城である鶴ヶ城が小田山に近く、守りに不安があったため、周囲が開けており大川の水を利用できる神指原の地に築城を始めました。
　築城は慶長５年（１６００）２月から始まり、１２万人を動員し昼夜兼行の突貫工事で進められました。しかし、この築城工事が徳川家康に上杉征伐の口実を与え、数ヵ月後の６月１０日、会津征伐が間近に迫ったことから、工事が中止されました。　
　徳川家康が上杉討伐のため伏見を出たのは、６月１６日。それを待っていたかのように石田三成ら西軍が兵をあげ、家康は、小山（栃木県）から江戸へ引き返し、９月１５日の関ヶ原合戦を迎えます。しかし、関ヶ原合戦で西軍は敗れたため、西軍の一翼を担っていた上杉景勝は、米沢３０万石に国替となりました。神指城はそのまま破棄されたまま、現在にいたります。　
　面積は鶴ヶ城の２倍の５５ｈａ。完成すれば奥州を代表する巨大城郭が出現するはずだった神指城ですが、現在は二の丸の一部と本丸跡をわずかに残すのみです。